Por Elizabeth Malagelada Prats, directora del Programa de Especialización en Derecho Fiscal del IEB y socia en Cuatrecasas.
La Ley del Impuesto sobre Sociedades prevé una deducción por actividades de investigación, desarrollo (en adelante, I+D) e innovación tecnológica cuya literalidad permanece estable, pero cuya aplicación práctica genera conflictos por la indeterminación de conceptos, exigiendo análisis caso por caso.
Este artículo presenta un estado de la cuestión y guía práctica en tres ejes: el alcance del Informe Motivado Vinculante emitido por el Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (en adelante, el IMV) y su distinta proyección bajo la normativa del Impuesto sobre Sociedades vigente antes y después del año 2015, las operaciones a través de AIE, y la acreditación de deducciones en períodos distintos al de su generación.
En 2026 persistirán las controversias sobre el IMV así como el control de los traslados de créditos fiscales a través de la utilización de AIE. La tercera de estas cuestiones, la acreditación tardía de deducciones, se ha resuelto finalmente durante este año 2025.
Informe motivado vinculante: TRLIS vs. LIS y alcance del art. 35.4
La deducción por I+D e innovación, regulada en el artículo 35 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (Ley 27/2014, en adelante, la LIS), permite minorar la cuota íntegra del impuesto en función de los gastos incurridos en estas actividades.
Para poder tener derecho a la deducción, la normativa fiscal exige que la actividad realizada por el contribuyente encaje dentro de la definición de I+D o innovación prevista en la norma. Estas definiciones son genéricas y contienen conceptos jurídicos indeterminados, lo que exige un análisis caso por caso.
Para paliar la dificultad de calificar estas actividades, el legislador proporciona a los contribuyentes medios de prueba cualificados que otorgan seguridad jurídica, como el IMV, que permite establecer previamente la calificación de un proyecto como I+D o innovación.
No está en discusión que el IMV vincula a la Administración en la calificación técnico-científica de si un proyecto constituye I+D o innovación. Lo controvertido es si esa vinculación alcanza también a la base de la deducción, esto es, a los gastos e inversiones asociados.
Esta cuestión es esencial, por cuanto la litigiosidad se ha centrado en supuestos donde, sin cuestionar la calificación del proyecto, los órganos de inspección (a través de informes internos de análisis caso por caso) han analizado los gastos acreditados en la base de la deducción y han considerado que estos no eran elegibles, reduciendo, en consecuencia, la base de deducción comprobada.
En este punto, el Tribunal Supremo distingue entre los distintos regímenes aplicables ratione temporis. Bajo el Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (en adelante, TRLIS) – la normativa en vigor hasta el año 2015 – reconoce una vinculación plena del IMV que abarca tanto la calificación del proyecto como sus gastos e inversiones, sin que pueda ser neutralizada por informes internos de la AEAT.
En cambio, bajo la LIS, el mismo tribunal ha precisado que su dicción literal restringe la vinculación del IMV a la calificación del proyecto. Esto deja a la AEAT margen para comprobar los gastos imputables, de modo que, aunque debe partir de la calificación del proyecto de acuerdo con el IMV, puede depurar las partidas incluidas en el cálculo de la base de la deducción.
Esta línea convive con un voto particular concurrente del magistrado Navarro Sanchís que sostiene que la LIS reproduce la fórmula del TRLIS y mantiene incondicionalmente el carácter vinculante del IMV también sobre la base, anticipando una potencial consolidación o corrección del criterio en futuras resoluciones.
Será clave observar cómo se consolida este criterio y si se alcanza una doctrina estable que delimite el alcance vinculante del IMV sobre la base de la deducción, o si, por el contrario, la litigiosidad sigue aumentando hasta que nuevas sentencias perfilen con mayor precisión el margen de comprobación de la AEAT.
Inversión en I+D canalizada a través de AIE
En los últimos tres años, la AEAT ha centrado sus esfuerzos en la comprobación de las operaciones de inversión en I+D e innovación a través de AIE. Estas operaciones son utilizadas con el objetivo de que los centros de investigación puedan trasladar sus créditos fiscales a terceros y, a cambio, obtener una parte de los recursos necesarios para realizar sus investigaciones.
Tanto en el Plan Anual de Control Tributario como en actuaciones inspectoras y resoluciones económico‑administrativas, la AEAT ha reconocido la legitimidad de estos esquemas, si bien ha detectado abusos respecto a su utilización.
Ciertamente, parece ser que ha habido operaciones claramente abusivas de doble monetización o de inexistencia de un proyecto. Es indiscutible que dichas operaciones deban ser regularizadas por los órganos de inspección tributaria.
La litigiosidad, sin embargo, ha alcanzado también a proyectos genuinos, donde persisten controversias sobre valoración de gastos trazables y elegibles y, nuevamente, sobre el alcance del IMV, anticipándose continuidad del conflicto en 2026 y, previsiblemente, hasta que el orden contencioso‑administrativo perfile los criterios.
Para minimizar los riesgos de regularización en el contexto de una comprobación tributaria, las operaciones deberán acreditarse con gobernanza y documentación que prueben la realidad del proyecto, la trazabilidad y la proporcionalidad de los gastos.
Acreditación de deducciones: regla general y excepción
Tras años de incertidumbre, existe, finalmente, un criterio general consolidado en vía económico-administrativa.
El TEAC, en unificación de criterio de 17 de julio de 2025, ha fijado que la acreditación de la deducción por I+D e innovación debe realizarse en la autoliquidación del período en que se genera, mediante su reconocimiento en ese mismo período a través de una autoliquidación o una rectificación de la autoliquidación original.
Ahora bien, el TEAC introduce un corrector esencial de seguridad jurídica. Cuando las autoliquidaciones se presentaron antes del 24 de junio de 2022, siguiendo la doctrina entonces vigente de la DGT, no cabe exigir ex post la consignación en origen.
Este compromiso con la posición entonces vigente de la DGT también ha sido validado por la sentencia del Tribunal Supremo de 24 de octubre de 2023 (ECLI:ES:TS:2023:4355) en la que admitió aplicar en un ejercicio posterior gastos de I+D e innovación no consignados previamente, amparándose precisamente en la vinculación de las consultas emitidas por la DGT.
Por lo tanto, la regla-excepción aplicable en acreditación de deducciones queda así. Regla general: consignación en el período de generación de la deducción.
Excepción: confianza legítima para autoliquidaciones anteriores al 24 de junio de 2022, cuando se siguió el criterio administrativo que permitía la aplicación posterior.
Tribuna publicada en Confilegal.
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